本學系於民國48年創設時原名「造船工程學系」，是台灣培養船舶科技人才歷史最悠久的科系。系統工程是連結各領域之主要媒介，並可透過「系統思考」及「系統方法」架構一完整知識系統，將原本相互獨立的知識轉換成幫助決策選擇之方案。造船設計所需考慮之系統不下數百個，各系統間之匹配整合，常需應用到系統工程之擇優規劃技術。加以現今工業界晉用工程人員，對系統整合知識能力之要求甚殷，有鑑於此，乃將造船工程學系順理成章地於民國八十八年更名為「系統工程暨造船學系」，以期培育之人才更廣泛符合時代需求。為因應高級人才需求，於民國81年設立研究所碩士班，民國87年設立博士班，目標在培育機電與自動化系統、熱流系統、結構系統、船舶工程系統相關工程專業研究人才，以及訓練各專業工程系統介面整合之研發人才。

大學部教育目標為：

• 教育目標一：培育學生具備應用工程知識，進行工程系統之規劃、設計開發之能力。
• 教育目標二：培育學生具備結構與振動噪音系統、熱流系統、機電與自動控制系統及船舶工程系統等任一子系統之能力。
• 教育目標三：培育學生理解專業倫理及社會責任。

以教育目標所培訓出的大學部學生將具備八項核心能力：

• 核心能力1：運用數學、科學及工程知識的能力。
• 核心能力2：設計與執行實驗，以及分析與解釋數據的能力。
• 核心能力3：執行工程實務所需技術、技巧及使用工具的能力。
• 核心能力4：設計與工程系統、元件或製程能力，如結構與振動噪音、熱流、機電與自動控制或船舶工程等相關系統。
• 核心能力5：計畫管理、有效溝通與團隊合作的能力。
• 核心能力6：發掘、分析及處理問題的能力。
• 核心能力7：認識時事議題，瞭解工程技術對環境、社會及全球的影響，並培養持續學習的習慣與能力。
• 核心能力8：理解專業倫理及社會責任。

研究所教育目標為：

• 教育目標一：培育學生具備應用工程知識，進行工程系統之規劃、設計開發之研究能力。
• 教育目標二：培育學生具備結構與振動噪音系統、熱流系統、機電與自動控制系統及船舶工程系統等任一子系統之研究能力。
• 教育目標三：培育學生持續學習的習慣並理解專業倫理及社會責任。

以教育目標所培訓出的研究所學生將具備八項核心能力：

•  核心能力1：機電與自動化系統、流力系統、結構系統、船舶工程系統等任一子系統之專業能力。
•  核心能力2：策畫及執行專題研究之能力。
•  核心能力3：撰寫專業論文之能力。
•  核心能力4：創新思考及獨立解決問題之能力。
•  核心能力5：與不同領域人員協調整合之能力。
•  核心能力6：良好的國際觀。
•  核心能力7：領導、管理及規劃之能力。
•  核心能力8：終身自我學習成長之能力。